「もしわたしが悪い人になったら
許せませんか？」

少年は少女を守りたい。そう、思った。
魔術師〈マスター〉と
英霊〈サーヴァント〉が、
あらゆる願いをかなえる願望機
「聖杯」をめぐり戦う――
「聖杯戦争」が起きて10年、
冬木市で再び戦争が始まった。
前回の「聖杯戦争」の参加者である
衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は
遺志を継ぎ、戦うことを決意する。

士郎のそばには、彼を慕う少女――
間桐桜がいた。
彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと
朝食と夕食を作り、
天涯孤独だった士郎と
優しい日々を過ごしていた。
だが「聖杯戦争」が始まると、
冬木の町に流れる空気が変わった。
あちこちで殺人事件が起き、
不穏な空気が流れ始める。
士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。

士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、
魔術師の遠坂凛と同盟を結び
「聖杯戦争」に臨む。

だが、その戦いは
暗躍する者たちによって大きくきしみ、
歪み始めていた。